従来の公益法人制度は、法人の設立と公益性の判断は一体とされていたので、これらは主務官庁の裁量に委ねられており、設立後も行政の指導監督下に置かれてきました。制度改革では、この行政の裁量を制限し、法人の設立と公益性の判断を分離する2段階の構造にしたのです。(図を参照)
この制度改革が実施された結果、非営利活動を行なう団体で公益性のない団体についても、一般社団法人や一般財団法人として法人格を取得しやすくなりました。
なお、一般財団法人の場合には、設立時に300万円以上の拠出金を払い込む必要がありますが、一般社団法人の場合には、出資金がなくても設立することができます。また、一定の要件を満たしている場合には、税制上の優遇措置も受けることができます。